Тъй като съм голям мързел и не искам да въвеждам всеки път паролата си когато синхронизирам, решението се оказа следният малък helper: http://blob.andrewnurse.net/gitcredentialwinstore/git-credential-winstore.exe това е когато използвам HTTPS а за SSH вече автентикацията е чрез public/private ключове.