Aко по някаква причина се налага да се използват двете библиотеки заедно в една и съща страница, въниква проблем с използването на $ namespace-а, подразбира се че не може да имаме 2 различни библиотеки използващи един и същ namespace :)
Решението:
Jquery има една функция наречена

 jQuery.noConflict(); 

и единственото нещо което трябва да се направи е това да се добави веднага след извикването на jQuery библиотеката (или в самата нея :) ).
и вместо

 $("div p").hide();

ползваме

 jQuery("div p").hide(); 

друг вариант е и

(function($) {
  $("div p").hide(); 
})(jQuery);

Освен това ако $ не се "презаписва" може да се използват и функциите на Prototype вътре в jQuery блок :)
Това още веднъж показва колко готина библиотека е Jquery :) по моя информация само Jquery има тази функционалност да работи с другите библиотеки, за разлика от mooTools и Prototype.